آخرين مبنا و اصل از ديدگاه حضرت امام اين است كه انقلاب‌ها مانند شجره‌ها ممكن است ميوه مثمر داشته باشند, ممكن است ميوه‌اي به بار دهند, اما اين شجره ممكن است دچار آفت شود. بنابراين, بايد آسيب‌شناسي كرد, بايد به آسيب‌شناسي انقلاب و از جمله انقلاب خودمان دست زد, چرا؟ چون درست است كه درختي داريم كهنسال, و ميوه‌هاي گرانقيمتي از اين درخت چيده‌ايم, اما امكان وجود آفت در اين درخت در طول زمان وجود خواهد داشت.

در قسمت‌هاي پاياني وصيت‌نامه, يعني اواسط تا پايان وصيت‌نامه به اين آفت‌ها اشاره شده است. از جمله: تفرقه و به انزوا كشاندن روحانيت, غرب‌زدگي و شرق‌زدگي, اقتصاد سرمايه‌داري و كمونيستي، انحراف برخي روحانيان, مسئله صدا و سيما, قوه قضاييه, قوه مجريه, حوزه‌هاي علميه و ارتش.

پس, از ديدگاه امام آسيب‌شناسي انقلاب اولاً امري مبارك است و ثانياً گويا در اين دو دهه انقلاب كمتر به آن پرداخته شده و ضرورت بررسي عميق‌تري را دارد.